蒙古学学院是呼伦贝尔学院最早成立的具有民族特色和地区特色的院系之一。1977年12月开始招生，1984年蒙文组提升为蒙文科、1988年为蒙文系，办学40多年来为当地培养输送了3000多名蒙汉兼通人才。绝大多数毕业生活跃在基层农牧区行政、教育、文化工作第一线，已成为相关行业业务骨干，涌现出不少知名专家、学者、作家和诗人，部分毕业生担任社会重要领导职务。

从2003年开始招收中国少数民族语言文学本科专业，2006年取得了学士学位授予权。2008年更名为蒙古语言文学学院，2015年更名为蒙古学学院。现有中国少数民族语言文学、社会学两个本科专业，内设蒙古语言文学系、双语教育系、社会学系、实验实训中心、综合办、教科办、团学办等7个机构。现有多媒体教室8间，蒙古文信息处理实训室1个、民俗馆1个、资料室1个，10个固定的校外实习实训基地。

学院现有教职工27人，专任教师20人，其中教授4人，副教授6人；具有博士学位的教师8人，具有硕士学位的教师12人。现有自治区一流专业1个，自治区级精品课程1门、自治区实践教学一流课程1门，校级教学团队1个，校级教学名师1人、校级教坛新秀1人。

在教育教学和科研，尤其是呼伦贝尔各民族语言文化研究方面取得了可喜的成绩，近十年，主持完成13项国家级科研项目、30多项省级科研项目，撰写出版学术专著20部，为地方经济社会发展作出了应有的贡献。